С 1967-го по 2001-й год директором Института белка РАН был его основатель -
академик Александр Сергеевич Спирин

доктор биологических наук, профессор биохимии,
советник Президиума Российской Академии наук,
заведующий кафедрой молекулярной биологии биологического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова,
лауреат Ленинской премии в области науки и техники (1976) и Государственных премий СССР (1986) и РФ (2000) в области науки и техники,
член Европейской молекулярно-биологической организации (EMBO), Европейской Академии, Германской академии естествоиспытателей "Леопольдина", Королевского физиографического общества в Лунде (Швеция), Американского философического общества.

C 2002-го года директором Института является
академик Лев Павлович Овчинников

доктор биологических наук, профессор молекулярной биологии,
заведующий кафедрой молекулярной биологии Пущинского филиала МГУ им. М. В. Ломоносова,
лауреат Ленинской премии в области науки и техники (1976)